Многие высказались вполне верно.
Может чуть добавлю:
суставные площадки суставов не ровные, имеют сложную конфигурацию.

При движении в обычном объеме (физиологическом) звуков нет,
если движение больше нормы (анатомическое), неровные площадки "цепляют" друг друга и раздается щелчок.
При запредельных, насильственных движениях повреждаются мягкие ткани окружающие сустав, или костная структура. Может кто-нибудь и слышал как ломаются кости, это не щелчок.
В норме мышцы имеют определенный тонус, не допускают крайних, не физиологических движений, и щелчков нет.
Но у разных людей разный тонус мышц.
У некоторых изначально тонус снижен и мышцы растягиваются больше необходимого, тогда присутствует гиперподвижность в суставах и слышны щелчки. Сустав не болит.
Мышцы могут быть очень объемными, но если их специально перерастягивать, то будет чрезмерное растяжение, например у гимнасток, пловцов, теннисистов...
Бывают и другие причины сниженного тонуса мышц, например заболевания или после травм в других местах.

Повышенные движения, частые щелчки на протяжении долгого времени травмируют суставные площадки, что способствует развитию артроза,
(разрастания на суставных площадках и уменьшение количества межсуставной смазки).
тогда уже будут не щелчки, а хруст. Но при артрозе всегда есть неприятные ощущения или боли.

Если есть щелчки, то нужно укреплять мышцы.
Если говорить только о коленных суставах, то лучше приседать не допуская щелчков.
Можно и нужно укреплять мышцы не только приседаниями. (велотренажер, качалка лежа...).

Свободникам, мотористам-ранцевикам, пилотам с повышенной подвижностью суставов, а также после травм, следует учитывать что запредельные, насильственные движения будут, поэтому мышцы следует тренировать предварительно, а не подвергаться излишнему риску на полетах.